20- amaliy mashg‘ulot mavzu

AutoDock instrumentlari yordamida tayyorgarlikni muvofiqlashtirish - 
vaqt 10 min. Ligand koordinata faylini yarating. Vodorod atomlarini o'z ichiga 
olgan koordinatalar to'plami talab qilinadi. Buni turli yo'llar bilan olish mumkin, 
jumladan Protein ma'lumotlar banki ( 
www.pdb.org
 ) yoki Kembrij kristallografik 
ma'lumotlar bazasi (ccdc.cam.ac.uk) dan eksperimental koordinatalar yoki 
CACTUS 
serveri 
(kaktus) 
kabi 
strukturani 
yaratish 
usullari 
.nci.nih.gov/translate). 1iep_ligandH.pdb fayli ushbu protokol boʻyicha oʻquv 
qoʻllanmasi sifatida foydalanish uchun taqdim etilgan (barcha misol 
fayllar 
Qoʻshimcha maʼlumotlarda
 keltirilgan ), u PDB 1iep yozuvidan olingan, 
barcha vodorod atomlari qoʻshilgan va maʼlum protonatsiyaga qoʻlda sozlangan 
ligand koordinatalarini oʻz ichiga oladi. davlat. AutoDockTools (ADT) dasturini 
ishga tushiring (
1-rasm
) va "Fayl->Preferences->Set"-ni bosish orqali ishchi 
katalogni o'rnating. "Ishga tushirish katalogi" maydoniga ishchi katalogingiz yo'li 
nomini kiriting va "O'rnatish" tugmasini bosing. Oynaning pastki qismidagi 
"O'chirish" tugmasini bosing. 
Atom koordinatalarini o'qing. Buni amalga oshirish uchun avval "Ligand-
>Input->Open" -ni tanlang va "PDB fayllari" ni tanlash uchun "Fayllar turi" 
menyusidan foydalaning. Koordinata faylingizni, bu holda 1iep_ligandH.pdb 
ustiga bosing va “Ochish” tugmasini bosing. ADT koordinatalarni o'qiydi, agar 
kerak bo'lsa zaryad qo'shadi, qutbsiz vodorodlarni birlashtiradi va tegishli atom 
turlarini tayinlaydi. Shu nuqtada, ligand yashil rangda aromatik uglerodlar bilan 
tomoshabin oynasida ko'rsatiladi. Davom etish uchun qalqib chiquvchi oynada 
"OK" tugmasini bosing. 
Agar koordinatalar to'plamida vodorod pozitsiyalari bo'lmasa, "Fayl-
>Molekulani o'qish" tugmasini bosing va koordinata faylingizni tanlang. Keyin, 
"Tahrirlash->Vodorodlar->Qo'shish" 
tugmasini 
bosish 
orqali 
siz 
barcha 
vodorodlarni sukut bo'yicha qo'shasiz. Ligand molekulasini tanlash uchun "Ligand-
>Kirish->Tanlash"-ni tanlang. 

---

AutoDock instrumentlari 
ADT Python Molecule Viewer ichida qurilgan. Koordinatalarni tayyorlash, 
joylashtirish va tahlil qilish uchun ADT buyruqlari pastki asboblar panelidagi 
menyular orqali mavjud. Yuqori darajadagi vizualizatsiya uchun PMV buyruqlari 
yuqori asboblar panelida mavjud. Boshqaruv paneli interaktiv ko„rish panelida 
ko„rsatiladigan molekulyar obyektlarning ko„rinishini, ranglarini va yorliqlarini 
boshqaradi. PMV va ADT imkoniyatlari haqida qo'shimcha ma'lumot olish 
uchun 
http://mgltools.scripps.edu/documentation
 ga qarang .