20- amaliy mashg‘ulot mavzu

Boshlanish ma'lumotlari 

Retseptor uchun koordinata fayli (pdb, mol2, cif va sdf kabi turli 
formatlarda) 

Coordinate file for ligand (in a variety of formats, including pdb, mol2, cif & 
sdf) 

 
Har bir protokol uchun qoʻllanma sifatida foydalanish uchun Qoʻshimcha 
maʼlumotlarda bir nechta fayllar mavjud : 1iep_receptorH.pdb (PDB 1iep 
yozuvidagi c-Abl kinaz domenining koordinatalari, AutoDockToolsʼga 
vodorod atomlari qoʻshilgan), 1iep_ligandH.pdb (imatinib koordinatalari). 
PDB yozuvi 1iep, vodorod atomlari AutoDockTools ilovasiga qoʻshilgan), 
1fpu_receptorH.pdbqt (PDB kirish 1fpu dan c-Abl kinaz domenining 
koordinatalari, PDBQT formatida), imatinib.pdbqt (PDBQT formatidagi 
imatinib koordinatalari (PDBQTIIa formatlari_ub), NCIdiset PDBQT 
fayllari sifatida formatlangan ZINK kutubxonasidan 499 ta birikmani o'z 
ichiga oladi) 
Uskuna va dasturiy ta'minot 

Kompyuter: Linux, Macintosh yoki Windows PC; Internetga ulanish 

Raccoon bilan virtual skrining uchun, PBS yoki SGE rejalashtiruvchisi 
bo'lgan Linux klasteri/HPC 

Matn muharriri 

AutoDock: 
http://autodock.scripps.edu
 (o'rnatish 
haqida 
ma'lumotni 
quyidagi 
manzilda 
olishingiz 
mumkin: 
http://autodock.scripps.edu/downloads/autodock-
registration/autodock-4-2-download-page/
 ) 

AutoDock 
Vina: 
http://vina.scripps.edu
 (o'rnatish 
haqida 
ma'lumotni 
http://vina.scripps.edu/manual.html#faq
 saytida 
olishingiz 
mumkin ) 

---


AutoDockTools (MGLTools qismi): 
http://mgltools.scripps.edu
 (information 
on installation is available at: 
http://mgltools.scripps.edu/downloads
) 

AutoLigand AutoDockTools-ning bir qismidir 

Rakun http://autodock.scripps.edu/resources/raccoon
 saytida mavjud.