Mavzu: Oqsillarni identifikatsiyalash resursi (Protein Indentification Resource, pir). Reja: I kirish II asosiy qism

C-terminal aminokislotalarni tahlil qilish. Edman degradatsiyasi

Mavjud bo'lgan usullarning soni C-terminali aminokislotalar tahlili mavjud bo'lgan N-terminalli tahlil usullaridan ancha kichikdir. Eng keng tarqalgan usul - qo'shish karboksipeptidazalar oqsil eritmasiga, ma'lum vaqt oralig'ida namunalar oling va vaqtga qarab aminokislotalar konsentratsiyasining uchastkasini tahlil qilib, terminal aminokislotani aniqlang. Ushbu usul polipeptidlar va oqsil bloklangan N termini holatida juda foydali bo'ladi. C-terminal sekvensiyasi DNK sekanslaridan bashorat qilingan oqsillarning birlamchi tuzilmalarini tekshirishda va ma'lum bo'lgan kodon sekanslaridan gen mahsulotlarini translyatsiyadan keyingi qayta ishlashini aniqlashda katta yordam beradi.
Edman degradatsiyasi
  Asosiy maqola: Edman degradatsiyasi
The Edman degradatsiyasi oqsillarni ketma-ketligi uchun juda muhim reaktsiya, chunki u oqsilning buyurilgan aminokislota tarkibini topishga imkon beradi. Avtomatlashtirilgan Edman sekvensionlari hozirda keng qo'llanilmoqda va peptidlarni taxminan 50 ta aminokislotalarga qadar ketma-ketlik qilishga qodir. Edman degradatsiyasi bilan oqsilni ketma-ketligi uchun reaktsiya sxemasi quyidagicha; keyinchalik ba'zi qadamlar ishlab chiqilgan.

1. 
   Har qanday sindirish disulfidli ko'priklar a bilan oqsilda kamaytiruvchi vosita kabi 2-merkaptoetanol. A himoya guruhi kabi yod sirka kislotasi aloqalarning qayta shakllanishiga yo'l qo'ymaslik uchun kerak bo'lishi mumkin.
   
2. 
   Agar bir nechta bo'lsa, oqsil kompleksining alohida zanjirlarini ajratib oling va tozalang.
   
3. 
   Har bir zanjirning aminokislota tarkibini aniqlang.
   
4. 
   Har bir zanjirning terminal aminokislotalarini aniqlang.
   
5. 
   Har bir zanjirni 50 ta aminokislota ostida bo'laklarga bo'ling.
   
6. 
   Parchalarni ajratib oling va tozalang.
   
7. 
   Har bir fragmentning ketma-ketligini aniqlang.
   
8. 
   Boshqa dekolte naqshini takrorlang.
   
9. 
   Umumiy oqsilning ketma-ketligini tuzing.