Mavzu: Oqsillarni identifikatsiyalash resursi (Protein Indentification Resource, pir). Reja: I kirish II asosiy qism

Peptid bo'laklariga hazm qilish
Taxminan 50-70 aminokislotadan uzunroq bo'lgan peptidlarni Edman degradatsiyasi bilan ishonchli ravishda ketma-ket qilib bo'lmaydi. Shu sababli, uzun protein zanjirlarini kichik bo'laklarga ajratish kerak, keyinchalik ularni alohida-alohida tartiblash mumkin. Ovqat hazm qilish ham tomonidan amalga oshiriladi endopeptidazlar kabi tripsin yoki pepsin yoki kabi kimyoviy reagentlar tomonidan amalga oshiriladi siyanogen bromid. Turli xil fermentlar turli xil dekolte naqshlarini beradi va parchalar orasidagi ustma-ust umumiy ketma-ketlikni yaratish uchun foydalanish mumkin.
Reaksiya
Tartibga solinadigan peptid bu adsorbsiyalangan qattiq yuzaga Umumiy substrat bilan qoplangan shisha tola polibren, a katyonik polimer. Edman reaktivi, fenilizotiyosiyanat (PITC), adsorbsiyalangan peptidga yumshoq asos bilan qo'shiladi buferli eritma 12% dan trimetilamin. Bu N-terminal aminokislotaning amin guruhi bilan reaksiyaga kirishadi.
Keyin terminal aminokislota qo'shilishi bilan tanlab ajratilishi mumkin suvsiz kislota. Keyin lotin izomeriyalar almashtirishni berish feniltiyohidantoin, uni yuvish va xromatografiya yordamida aniqlash va tsiklni takrorlash mumkin. Har bir qadamning samaradorligi taxminan 98% ni tashkil etadi, bu taxminan 50 ta aminokislotani ishonchli aniqlashga imkon beradi.

1. 
   ^ Mixail A. Alterman; Piter Xantsiker (2011 yil 2-dekabr). Aminokislotalarni tahlil qilish: usullari va bayonnomalari. Humana Press. ISBN 978-1-61779-444-5.
   

Bekman-Coulter Porton LF3000G oqsillarni sekvensiya qilish mashinasi
Protein sekvensori
A oqsil sekvenatori ^[3] avtomatlashtirilgan tarzda Edman degradatsiyasini amalga oshiradigan mashinadir. Protein yoki peptid namunasi oqsil sekvenatorining reaksiya idishida immobilizatsiya qilinadi va Edman degradatsiyasi amalga oshiriladi. Har bir tsikl oqsil yoki peptidlardan bitta aminokislotani chiqaradi va hosil qiladi N-terminus va chiqarilgan aminokislota hosilasi keyinchalik HPLC tomonidan aniqlanadi. Tartiblash jarayoni bir butun uchun takroriy ravishda amalga oshiriladi polipeptid butun o'lchov ketma-ketligi o'rnatilguncha yoki oldindan belgilangan tsikllar soni uchun.