Mavzu: Oqsillarni identifikatsiyalash resursi (Protein Indentification Resource, pir). Reja: I kirish II asosiy qism

DNK / RNK sekanslaridan bashorat qilish.

Biologiyada oqsillar tomonidan ishlab chiqariladi tarjima mRNK tarkibidagi kodonlar ketma-ketligidan kelib chiqqan oqsillar ketma-ketligi bilan xabarchi RNK (mRNA). MRNK ning o'zi hosil bo'ladi transkripsiya va genlarni o'zgartirishi mumkin. Ushbu jarayonlar DNK ketma-ketliklaridan oqsillar ketma-ketligini bashorat qilishni avtomatlashtirish uchun kompyuter algoritmlaridan foydalanish uchun etarli darajada tushunilgan, masalan, butun genomli DNK-sekvensiyalash loyihalari kabi va oqsillar ketma-ketligining katta ma'lumotlar bazalarini yaratishga olib keldi. UniProt. Prognoz qilingan oqsillar ketma-ketligi massa spektrometriyasi orqali oqsillarni aniqlash uchun muhim manba hisoblanadi.
Tarixiy jihatdan, Edman degradatsiyasi bilan aniqlangan qisqa oqsillar ketma-ketligi (10-15 qoldiq) DNK ketma-ketligiga tarjima qilingan, ular zond yoki primer sifatida izolyatsiya qilish uchun ishlatilishi mumkin edi. molekulyar klonlar tegishli gen yoki qo'shimcha DNKning. Keyin klonlangan DNKning ketma-ketligi aniqlandi va oqsilning to'liq aminokislota ketma-ketligini aniqlash uchun foydalanildi.
Bioinformatika vositalari
 Bioinformatika ommaviy spektrlarni talqin qilishga yordam beradigan vositalar mavjud (qarang) Peptidlarning ketma-ketligi), oqsillar ketma-ketligini taqqoslash yoki tahlil qilish uchun (qarang Tartibni tahlil qilish), yoki peptid yoki oqsil ketma-ketliklari yordamida ma'lumotlar bazalarini qidirish (qarang Portlash).
Shuningdek qarang
 Proteomika

• 
  DNKning ketma-ketligi
  
• 
  Klaus Biemann
  
• 
  Donald F. Xant
  
• 
  Mattias Mann
  
• 
  Jon R. Yeyts
  

Bu usul preporativ maksad uchun, ayniksa okstlarni aralashmalardan tozalashda molekulyar elak usuli bilan gel xromotografiyasi keng kulaniladi. Bu usulda sefadeks deb ataladigan donachalar shaklidagi preporatlardan foydalaniladi. Donachalar suvni yaxshi kurganlaridan suvli muxitda katik ishib gel xosil kiladilar. Xromotografiya xronka shu gel bilan tulatiladi. Bu usul buycha moddalarni ajratish xamda katta molekulyar gulni statsionar pardasi bulgan ichki muxitga kira olmasdan tashkarida kolishlari va xarakatchan faza bilan kolonka buycha pastga siljishga asoslangan. Aksincha kichik molekulyar donachalar gel ichiga erkin shimiladilar va shuning uchun kolonka buylab sekinrok ruriladilar. Katta molekulyar masaga bir kattalika ega oksilar sefadeks donachalarning ichiga diffundirlanmay kolonkadan molektslyar masadan kattaligiga karab suyuklik bilan birga birinchi bulil kolonkadan chikadilar. Bu usuldan foydalanib turli oksilalarnimolekulalarning ulchamiga karab bir - biridan ajratib ularning molekulyar ogirliklarini belgilash mumkin.
Elektroforez usulari bilan oksilarni ajratish oksil zarachalarning elektor maydonidagi xarakatchanligini belgilashga asoslangan oksilar molekulasida kup NH₃⁺ (amoniy gruxi) va COO- (karbooksil gruxi) mavjud bulganidan ular manviy va musbat zaracha lardir. Elektor maydonida siljish tezligi asosan molekulalar zaryadigan, xamda shakllar ulchamiga boglik.
Eritmada zaryadlangan molekulalarning maydondagi erkin xarakati elektroforotik jixozda belgilanadi.
Keyingi yillarda oksillarni turli tashuvchilar xususan kattik tutib koluvchi muxitlar - kogoz, kraxmal geli, agar geli, poleaklamid geli, va boshkalarda xududiy elektroforez keng kullanmokda. Bu usulda oksilarning tekshirish uchun bufer bilan xulangan lenta shaklidagi filter kogozi gel karovatiga nukta yoki chizik xolatida bir necha oksil eritmasi tomiziladi kogozning uchi elektrodlar urnatilgan bufer eritmasiga botirib kuyiladi. Elektronlar turgun elektr okimi yuborilganda paydo bulgan elektr maydoni kuchi ta‘sirida kogozga tomizilgan oksillar zaryadning mikdori va belgisiga karab anod yoki katod tomonga bir necha santimetr siljiydi. Bufer bilan namlangan tutib turuvchi muxitlar shunday elektroforetik muxit tugdiradiki ularda oksil xam elektr uki xamda molekulaning kattaligi buyicha xarakat kiladi, chunki gel molekulasi elak sifatida xarakat kiladi.
Oksillarni ximiyaviy urganishdagi dastlabki ish ularni xujayra masasidan yoki biologik suyukliklardan toza xolda ajratib olishdir, lekin oksilarni ajratib olish uncha xam oson emas. Oksilarni ajratishdagi asosiy kiynchilik ularning bekarorligi bilan boglik. Ular yukori temperatura, kuchli kislota va ishkorlar, juda kup reaktivlar ta‘sirida uzlarini tabiy “nativ” xususiyatlarini yukotadilar.
Bu jarayon dyenaturatsi ya deyladi. Oksilarni ajratib olish va tozalashning xama boskichlarni, ularning bekarorligini xisobga olib, yumshok sharoitda utkazilishi oksilar ximiyasini asosiy shartidir. Oksilarni ajratib olishda uchraydigan navbatdagi kiynchilik biologik materialardan olinadigan murakkab aralashmalarda oksil molekulalarida ular bilan aralashgan xolda birga buladigan va ular bilan komplekslar xosil kiladigan boshka organik brikmalar lipidlar, uglevodlar, nukleid kislotalarda kutilishdi. Masalan: oksilarni ajratish kup xujayra proteinlarning suvda eriydigan lipidlar bilan boglanishi tufayli ularning ekstraktsiyasini kiynlashtiradi. Xujayra komponentlari yoki boshka moddalar bilan birikan oksilarni eritma shaklida utishini detergentlar (parchalovchi moddalar) modalarning kuchsiz eritmalari va organik eritmalar yengilashtiradi. Oksillarni suvli eritmalardan ajratish uchun eritmaga onorganik tuzlarning yetarli mikdorini kushib chuktirish usuli kup kulaniladi. Bu maksad uchun eng kup ishlatiladigan tuz suvda yukori erish xususiyatiga ega bulgan ammoniy sulfatdir bu tuzni kushib eritmani turli darajada tuyintirish yuli bilan oksillar bir - biridan ajratiladi. Boshka sulfatlar, masalan: magniy sulfat eruvchanligi amoniy sulfatga karaganda ularning afzalligi shundaki bu tuzlar bilan chuktirilgan oksilarda azot mikdorini bevosita analiz kilish mumkin sulfatlardan tashkari natriy, kaliy fosfatlardan chuktiruvchi omil sifatida foydalaniladi. Metall tuzlarning yana bir muxim xususiyati shuki, ular oksillarni eritmada turginlashtiradi, temperatura xamda kislotalilikni buzuvchi tasiridan saklaydi.
Organik erituvchilar jumladan etanol, atsitonlar xam, oksillarni suvli eritmalardan chuktirishda foydalaniladi. Bu usul kuyi xaroratda (-100С ga yakin) temperaturada yaxshi natija beradi. Oksillarni ajratib olish va tozalash uchun ularning satxi katta turli kalloid zarachalar yuzasida turlicha adsorbtsiya kilinishi va elektr maydonila turli tezlikda xarakatlanishidan foydalanadigan xromatografiya va elektroforez usularining turli variantlari ayniksa yukori samara bilan ishlatiladi.