Mundarija kirish Zamonaviy bioinformatsiya ma'lumotlari asoslari Bioinformatikaning kompyuter komponentlari Bioinformatikaning internet komponentlari Tarmoqlar va asoslar Xulosa Foydalanilgan adabiyotlar 2 kirish mavzuning dolzarbligi
Download 187.1 Kb. Pdf ko'rish
|
Zamonaviy bioinformatsiya ma\'lumotlari asoslari
- Bu sahifa navigatsiya:
- ELEKTRON MANBALAR
|
1.3.
Tarmoqlar va asoslar EMBnet - Yevropa molekulyar biologiya tarmog'i. 1988- yilda Yevropa molekulyar biologiya laboratoriyalarini oʻz tadqiqotlarida bioinformatika va hisoblash biologiyasi 17 usullaridan foydalangan holda bogʻlash uchun tarmoq tashkil etilgan. EMBnet (European Molecular Biology net) deb nomlangan ushbu tarmoq Yevropaning turli mamlakatlarida joylashgan laboratoriyalar xodimlariga mahalliy tillarda ishlaydigan maxsus ajratilgan tugunlar orqali axborot va taʼlim xizmatlarini koʻrsatish uchun ishlab chiqilgan. Keyinchalik, ushbu tarmoqning tashkil etilishi alohida muassasalarni bir qator biologik ma'lumotlar bazalarining vaqti-vaqti bilan yangilanib turuvchi nusxalarini saqlash, qidiruv dasturlarini o'rnatish, qimmat tijoriy dasturiy ta'minot paketlarini sotib olish va hokazolar zaruratidan xalos qildi. Bugungi kunda EMBnet 34 ta tugunga xizmat ko'rsatmoqda. Ulardan 20 ta tugun ajratilgan Milliy tugunlardir. Muvofiq davlatlar ma'lumotlar bazalarini saqlashlari, dasturiy ta'minot va tarmoq xizmatlarini (ketma-ketlik tahlili, oqsillarni modellashtirish, genetik xaritalash va boshqalar) taqdim etishlari, foydalanuvchilarni qo'llab-quvvatlashlari va ta'lim berishlari, tadqiqot va ishlanmalar olib borishlari kerak. Sakkizta EMBnet tugunlari maxsus maqsadga ega. Bular bioinformatikaning ma'lum tor sohalarida maxsus bilimlar 18 bilan ishlashga mo'ljallangan o'quv, sanoat yoki tadqiqot markazlari. Ular asosan ma'lumotlar bazalarini saqlash va biologiya ehtiyojlari uchun dasturiy ta'minotni ishlab chiqish uchun mas'uldirlar. Qolgan olti tugun EMBnet-ga sheriklik tugunlari sifatida birlashtirilgan. Bular Evropadan tashqari mamlakatlardagi hisoblash biologiya markazlari bo'lib, ular o'z foydalanuvchilariga odatiy Milliy tugun kabi xizmatlarni taqdim etadilar. Ushbu tugunlarning deyarli barchasi ma'lumotlar bazalari va ketma-ketlikni tahlil qilish dasturlariga, shuningdek, molekulyar modellashtirish, genom tahlili, gen xaritalash va boshqalar uchun turli xil vositalarga zamonaviy kirishni taklif qiladi . U EMBnet foydalanuvchilariga qo'shimcha xizmatlarni taqdim etish uchun ishlab chiqilgan. SRS Internet manzili: http://srs.ebi.ac.uk/ ( 2.1-rasm). SRS har qanday aka -uka ma'lumotlar bazasini boshqa har qanday ma'lumotlar bazasi indeksiga indekslash imkonini beradi. Ushbu tizimning afzalligi shundaki, olingan ko'rsatgichlarni tezda topish mumkin, bu esa operatorlarga tizim tomonidan 19 bog'langan barcha resurslardagi yozuvlarni tanlash, bog'lash va ularga kirish imkonini beradi. SRS foydalanuvchisi o'z xohishiga ko'ra ulangan ma'lumotlar bazalari ro'yxatini osongina qayta belgilashi mumkin. Ketma-ket namuna olish tizimi nuklein kislotalarning ma'lumotlar bazalarini, EST (Expressed Sequence Tags ) , oqsil ketma-ketligini, oqsil qatlamlarining naqshlarini, oqsil tuzilmalarini va maxsus bibliografik ma'lumotlar bazalarini bog'laydi. Shunday qilib, SRS juda kuchli tizim bo'lib, foydalanuvchilarga ma'lumotlarning ichki tuzilishi, so'rovlar tillari va boshqalar haqida qayg'urmasdan, yagona birlashtirilgan interfeys orqali turli xil ma'lumotlar bazalariga nisbatan so'rovlarni shakllantirish imkonini beradi. SRS ko'plab geterogen ketma-ketlik ma'lumotlar bazalari va tanlangan ketma-ketliklarni ketma-ketlikni taqqoslash va tekislash dasturlari kabi analitik vositalar orqali uzatish uchun integratsiyalangan ma'lumot qidirish tizimidir. Umuman olganda, SRS oqsil va nukleotidlar ketma-ketligi, metabolik yo'llar, oqsil fazoviy tuzilmalari va funktsiyalari, genomlar, kasalliklar tavsiflari va fenotiplarning 140 dan ortiq 20 ma'lumotlar bazalarini qidirishi mumkin. Shuningdek, u Prosite (http://prosite.expasy.org/) va Blocks (http://blocks.fhcrc.org/) protein strukturaviy motiv ma'lumotlar bazalari, transkripsiya faktorlari ma'lumotlar bazalari va maxsus ma'lumotlar bazalari kabi kichik ma'lumotlar bazalarini o'z ichiga oladi . . 21 Xulosa Entrez - bu tarmoq ma'lumotlarini qidirish tizimi. U barcha NCBI ma'lumotlar bazalarida mavjud bo'lgan ma'lumotlarni birlashtiradi. Bu NCBI tomonidan qo'llab- quvvatlanadigan barcha ma'lumotlar bazalari uchun umumiy old qism va juda qulay. Hammasi bo'lib Entrez 11 ta ma'lumotlar bazasiga havolalarga ega. NCBI ketma-ketliklarni tavsiflovchi heterojen ma'lumotlar munosabatlari modelini ishlab chiqdi. Buning yordamida mashhur Entrez axborot- qidiruv tizimi tomonidan boshqariladigan dasturiy ta'minot va ma'lumotlar bazasi integratsiyasining jadal rivojlanishi mumkin bo'ldi. GenBank ma'lumotlar bazasi xuddi shu modelda qurilgan. Ushbu modelning afzalliklari orasida DNK ketma-ketliklarining tavsifi va ular kodlagan oqsillar, xromosomalarning genetik xaritalari va tegishli oqsillarning fazoviy tuzilmalari o'rtasida oson o'tish imkoniyati, shuningdek, ular bilan bog'liq ma'lumotlarni o'z ichiga olgan nashr etilgan adabiyotlar ro'yxati kiradi. obyektlar. NCBI ma'lumotlar modeli to'g'ridan-to'g'ri DNK ketma- ketligi va oqsil ketma-ketligi bilan ishlaydi. Tarjima jarayoni 22 bir-biriga o'zaro izohlar emas, balki bu ikki ketma-ketlik o'rtasidagi bog'liqlik sifatida taqdim etiladi. Protein tavsifini o'z ichiga olgan izohlar (masalan, peptid degradatsiyasi mahsulotlari) oqsil ketma-ketligiga to'g'ridan-to'g'ri izohlangan xususiyatlar sifatida taqdim etiladi. 23 Foydalanilgan adabiyotlar ro’yxati. 1. A. Galushkin. Neyrokompyuterlar va ularning qo'llanilishi. // IPRZHR // 2000 yil 2. Sh. M. Mirziyoyev. Buyuk kelajagimizni mard va olijanob xalqimiz bilan birga quramiz. Toshkent. O'zbekiston nashriyoti, 2017. 3. Sh. M. Mirziyoyev. Qonun ustuvorligi va insonlarni ta'minlash yurt taraqqiyoti va xalq farovonligining garovi. Toshkent, O'zbekiston nashriyoti. 2017 yil. 4. Sh. M. Mirziyoyev. Erkin va farovon demokratik O'zbekiston davlatini birlashtirish barpo. Toshkent, O'zbekiston nashriyoti. 2017 yil. 5. Sh. M. Mirziyoyev. Tanqidiy tahlil, qat'iy tartib intizom va shaxsiy nazorat - har bir boshqaruvning kundalik qoidasi bo'lishi kerak. Toshkent, O'zbekist on nashriyoti. 2017 yil. 6. Chernavskiy D.S. Sinergetika va bioinformatsiya. M .: Tahririyat. URSS. 2004 yil. ELEKTRON MANBALAR 7. www.zivonet.uz 8. www. referat. Ru 24 9. www.bankreferatov.ru 10. www.nature.uz 11. www.Dedagog.uz Download 187.1 Kb. Do'stlaringiz bilan baham: 
|