O'zbekiston Respublikasi Oliy va O'rta maxsus Ta’lim Vazirligi Guliston Davlat universiteti Tabiiy Fanlar fakulteti

1.2. Filogenetik daraxt
Filogenetik daraxt (evolyusion daraxt, hayot daraxti) - bu turli xil turlar, boshqa taksonlar, genlar yoki umumiy ajdodga ega bo'lgan boshqa narsalar o'rtasidagi evolyusion munosabatlarni aks ettiruvchi daraxt.
Filogenetik daraxtning tepalari uchta sinfga bo'linadi: barglar, tugunlar va (ko'pi bilan bitta) ildiz. Barglar-bu oxirgi tepaliklar, ya'ni aynan bitta qirrani o'z ichiga olgan; har bir barg qandaydir tirik organizmlarni (yoki evolyusiyaga moyil bo'lgan boshqa ob'ektni, masalan, oqsil domenini) aks ettiradi. Har bir tugun evolyusion hodisani anglatadi: ajdodlar turining keyinchalik mustaqil ravishda rivojlanib borgan ikki yoki undan ko'piga bo'linishi. Ildiz bu barcha ob'ektlarning umumiy ajdodini anglatadi. Filogenetik daraxtning qirralari odatda "novdalar"deb nomlanadi.
"Daraxt" g'oyasi hayotning dastlabki qarashlarida oddiy shakllardan murakkablarga o'tish jarayoni sifatida paydo bo'lgan. Zamonaviy evolyusion biologlar evolyusiyani tasvirlash uchun daraxtlardan foydalanishni davom ettirmoqdalar, chunki bu turlarning rivojlanishi va kelib chiqishini aniq ko'rsatib beradi.
Filogenetik daraxtning turlari haqida qisqacha
Ildizli daraxt — tanlangan ildizni o'z ichiga olgan daraxt. Ildizli daraxtni yo'naltirilgan grafik deb hisoblash mumkin, chunki u tabiiy yo'nalishga ega — ildizdan barglarga. Ildizli daraxtning har bir tuguni pastda yotgan daraxt barglarining oxirgi umumiy ajdodiga to'g'ri keladi. Rasmda "uchta domen tizimi"dagi tirik organizmlarning Demi bo'yicha ranglangan, singib ketgan filogenetik daraxt ko'rsatilgan.
Ildizsiz daraxt ildizni o'z ichiga olmaydi va umumiy ajdodning taxmin qilingan pozisiyasisiz barglarning munosabatini aks ettiradi. Ildizsiz daraxtlarni ko'rib chiqish zarurati evolyusiya yo'nalishiga qaraganda tugunlar orasidagi aloqalarni tiklash ko'pincha osonroq bo'lishidan kelib chiqadi. Ikkinchi rasmda ildiz otmagan filogenetik daraxt ko'rsatilgan. Ildizsiz daraxtni mustahkamlanganga aylantirishning ishonchli usuli (buning uchun siz tugunlardan birini ildiz deb e'lon qilishingiz yoki shoxlardan birini ildizdan chiqqan ikkiga bo'lishingiz kerak) - bu ishonchli "tashqi guruh" dan foydalanish. turlar-turlar to'plamiga juda yaqin bizni qiziqtirgan, ammo ayni paytda aniq guruh alohida guruhdir. Boshqa hollarda, ildizning holatini o'rganilayotgan ob'ektlarning evolyusiyasi tezligi to'g'risida qo'shimcha taxminlar asosida aniqlash mumkin.
Ikkala ildizli va ildizsiz filogenetik daraxtlar ikkiga bo'lingan yoki ko'p qirrali, shuningdek belgilangan yoki belgilanmagan bo'lishi mumkin. Bifurkasiya daraxtida har bir tugunga aniq uchta novda yaqinlashadi (bog'langan daraxt, bitta kiruvchi asos va ikkita chiquvchi novda bo'lsa). Shunday qilib, bifurkasiya daraxti barcha evolyusion hodisalar ajdodlar ob'ektidan aynan ikki avlodning kelib chiqishidan iborat deb taxmin qiladi. To'rt yoki undan ortiq novdalar multifurkasiya daraxtining tuguniga mos kelishi mumkin. Belgilangan daraxt barglarning nomlarini o'z ichiga oladi, belgilanmagan daraxt esa topologiyani aks ettiradi.Taqdim etilgan barg tepalari to'plami uchun mumkin bo'lgan daraxtlar soni daraxt turiga bog'liq, ammo har doim ham mumkin ko'p qirrali daraxtlar bifurkasiya daraxtlariga qaraganda, belgilanmagan va ildiz otmaganidan ko'ra ko'proq belgilangan. Oxirgi farq eng katta biologik ahamiyatga ega-ildiz otmagan daraxtda ildizlarni joylashtirish mumkin bo'lgan joylar ko'p. Belgilangan bifurkasiya daraxtlari uchun ildiz otgan daraxtlar mavjud.
- Dendrogram-bu filogenetik daraxtning sxematik ko'rinishini bildiruvchi umumiy atama.
- Kladogramma-bu filiallarning uzunligi haqida ma'lumot bo'lmagan filogenetik daraxt.
- Filogramma (yoki fonogramma) - bu shoxlarning uzunligi haqida ma'lumotni o'z ichiga olgan filogenetik daraxt; bu uzunliklar ma'lum bir xususiyatning o'zgarishini anglatadi.
- Xronogramma-bu shoxlarning uzunligi evolyusion vaqtni ifodalovchi filogramma.
Filogenitik daraxtlarni tuzish usullarini bir nechta asosiy ko'rsatkichlar bilan baholash mumkin:
- Samaradorlik (hisob-kitoblar uchun qancha vaqt va xotira talab qilinadi)
- Foydalilik (olingan ma'lumotlardan foyda bormi yoki ma'lumot foydasiz)
-Rentabellik (turli ma'lumotlar bir xil muammo modeli uchun har doim berilgan bo'lsa takrorlanadi javob bir xil bo'ladi)
-Xatoga bardoshlik (ko'rib chiqilayotgan modelning taxminlaridagi noaniqliklar bilan kurashadimi)
-Ogohlantirish berish (noto'g'ri ishlatilganda bizni ogohlantiradimi).