Shodieva melixolning genomika fanidan tayyorlagan

---

TERMIZ DAVLAT UNVERSITETI 
TABIIY FANLAR FAKULTETI 
BIOLOGIYA TA’LIM YO’NALSHI 
4-KURS 12-19-GURUH TALABASI 
SHODIEVA MELIXOLNING 
GENOMIKA FANIDAN TAYYORLAGAN
REFARATI 
 

---

 
GENOMNI 
KARTALASHTIRISH
 
Reja: 
1. Genetik haritalash tarixi 
2. Haritalashning dasturiy turlari. 
3. Inson genomini haritalash 
Genetika jonli 
organizmlardagi
 
nasldorlik
 va 
turlanishni
 oʻrganuvchi 
fandir
. 
Hayvon va oʻsimliklarning baʼzi xususiyatlari nasldan naslga oʻtishi 
mumkinligi 
ibtidoiy jamiyat
 davridayoq maʼlum edi va bu 
bilimdan 
chorvachilik
 va 
dehqonchilikda
 tanlanma koʻpaytirish orqali qoʻllanilar 
edi. Biroq, zamonaviy genetika nasldorlik mexanizmlarini tushunadigan fan 
sifatida 
Gregor Mendel
 (19-asr) mehnatlaridan keyingina rivojlana boshladi. 
Mendel nasldorlik mustaqil funkciyalarga ega fundamental diskret jarayon 
ekanligini kashf etdi. Nasldorlikning ushbu asosiy birliklari hozirda 
„genlar―
 deb 
ataladi. Organizm 
hujayralarida
 genlar jisman 
DNK
 
molekulalarida
 joylashgan 
boʻlib, oʻzida hujayra komponentlarini qurish va boshqarish uchun kerakli axborot 
tashiydi. Genetika organizmning koʻrinishi va hatti-harakatini belgilashda katta rol 
oʻynasa ham, umumiy natija nafaqat genlarga, balki organizmni oʻrab tugan atrof-
muhitga ham bogʻliq boʻladi. Masalan, 
inson
 boʻyini faqatgina genlar emas, balki 
uning bolaligida olgan 
ozuqa
 va sogʻligʻi ham belgilaydi. 
Genetikaning asosiy vazifasi irsiyatning moddiy asoslari hisoblanadigan 
xromosoma, genlar va nuklein kislotalar (
DNK
, 
RNK
) tuzilishi hamda 
funksiyalarini tadqiq qilish orqali organizmlar belgi va xususiyatlarining 
rivojlanishi va kelgusi avlodlarga oʻtishini ochib berishdan iborat. Har xil fizik va 
kimyoviy omillar taʼsirida organizmlarda irsiy oʻzgaruvchanlikning paydo boʻlishi 
va uning organizmlar evolyutsiyasidagi ahamiyatini tadqiq qilish ham genetikaning 

---

vazifalari qatoriga kiradi. Madaniy oʻsimliklarning serhosil navlari, hayvonlar va 
mikroorganizmlarning mahsuldor zotlari va shtammlarini yaratish; irsiy 
kasalliklarning paydo boʻlish sabablarini oʻrganish asosida ularning oldini olish va 
davolash usullarini ishlab chiqish; ekologik muhitning irsiyatga salbiy taʼsir 
etuvchi omillarini oʻrgaiib, genofondni saqlab qolishni genetik jihatdan asoslab 
berish genetika tadqiqotlarining amaliy muammolarini ifodalaydi. 
Statistik model asosida konsensus quradi. 
SHRiMP. SHRiMP2 dasturi yuqori aniqlikka qaratilgan, polimorfizmli 
qatorlarning taxririni o‗tkazadi va sekvenirlash xatoliklarini aniqlaydi. 
Smit-Vaterman algoritmidan foydalanadi, 1 versiyasi ketma-ketliklarni o‗qishni, 2 
versiyasi esa genomni indeksatsiya 
qilishda foydalaniladi
, shunga ko‗ra katta 
tezlikka ega. Illumina/Solexa, Roche/454 i AB/SOLiD kompaniyalari tomonidan 
ketma-ketliklarni o‗qishda va va parallel ravishda hisoblash ishlarini olib borishda 
qo‗llaniladi. 
SOAP. single-read va pair-end fragmentlarining taxririni bajaradi va asosan 
intronlarni aniqlashda qo‗llaniladi. 2way-BWT (2BWT) indeksini ishlatish 
qobiliyatiga ega. SOAP3 versiyasi GPU bilan ishlashga optimallashtirilgan va 
maxsus GPU-2BWT indeksidan foydalanadi. 
TopHat. RNA-seq taxrirlarini o‗qishga moslashgan, Bowtie bazasi asosida ishlab 
chiqilgan. Illumina Genome Analyzer tomonidan ishlab chiqilgan va boshqa 
dasturlar tomonidan ishlangan taxrirlar bilan ishlaydi. 75 nukleotid qatorlarigacha 
bo‗lgan nukleotid qatorlarini aniqlaydi, paired va single-end ni aralashtirishga yo‗l 
qo‗ymaydi. 
Normal inson karyotipining barcha xromosomalarining ideogrammalari sifatidagi 
grafik tasviri 
genetik haritalardan tashqari
, boshqa xromosoma haritalari ham 
ishlab chiqilgan.