Vazirligi urganch davlat universiteti tabiiy fanlar fakulteti " biologiya" kafedrasi "tasdiqlandi"
Download 0.68 Mb. Pdf ko'rish
|
bioinformatik - 3 kurs yangi
- Bu sahifa navigatsiya:
- UniProt ma‟lumotlar bazasi
- Zamonaviy metabolik yo‟llari ma‟lumotlar bazalari
|
PIR -protein axborot resursi
PIR - protein axborot resursi bazasi oqsil ketma-ketliklarini taqdim etadi. PIR 1984 yilda Uinona Barker va Robert Ledlilar boshchiligida Milliy Biotibbiy Tadqiqotlar Fondi (NBRF) tomonidan tadqiqotchilar va mijozlarga oqsillar ketma- ketligi ma„lumotlarini aniqlash va izohlashda yordam beradigan manba sifatida tashkil etilgan. Dayxof va uning tadqiqot guruhi oqsillar ketma-ketligini taqqoslash, ketma-ketliklar orasidagi masofa va ketma-ketlikni aniqlash hamda oqsillar ketma-ketligi evolyutsion tarixini aniqlash uchun kompyuter usullarini ishlab chiqishda kashf etdilar. PIR boshqa ma„lumotlar bazalari jumladan, EBI (Yevropa Bioinformatika Instituti), oqsillar ketma-ketligi va funksiyalarining markaziy manbai bo„lgan UniProt (Birlashgan Protein ma„lumotlar bazasi) va SIB (Shveytsariya Bioinformatika Instituti) bilan birgalikda ish yuritishadi. PIR o„zida oqsillar ketma-ketligi, oilalari, fermentlar va fermentativ yo„llar, molekulyar tuzilmalar va strukturalar ularning sinflari, genlar va genomlar, adabiyot va taksonomiyalarning ko„p sonli molekulyar ma„lumotlar bazalariga keng ko„lamli murojaatlarni va havolalarni taqdim etadi Ushbu sayt ma„lumotlarini UniProt (Birlashgan Protein ma„lumotlar bazasi) resurslari bilan dastlabki tahlilini o„tkazgan holda taqdim etib, tahlil qilishda ham UniProt dasturlaridan foydalanadi. UniProt ma‟lumotlar bazasi UniProt - bu oqsillar ketma-ketligi va funktsional ma„lumotlarning erkin kirishi mumkin bo„lgan ma„lumotlar bazasi bo„lib, ularning ko„plari genomni tartiblash loyihalaridan olinadi.. Unda tadqiqotlar natijasida olingan oqsillarning biologik funktsiyasi haqida juda ko„p ma„lumotlar mavjud. Zamonaviy metabolik yo‟llari ma‟lumotlar bazalari MetaCyc - hayotning barcha sohalarida eksperimental ravishda aniqlangan metabolik yo„llar va fermentlarning ma„lumotlar bazasi. U shuningdek reaktsiyalar, kimyoviy birikmalar va genlarni o„z ichiga oladi. MetaCyc bazasida 3067 turli organizmlardan mavjud bo„lgan 2766 xil metabolitik yo„llari mavjuddur. MetaCycda ham birlamchi, ham ikkilamchi metabolizmda ishtirok etadigan yo„llar, shuningdek bir-biriga bog„liq metabolitlarni, reaksiyalarni, fermentlarni va genlarni o„z ichiga oladi. MetaCyc dasturlariga quyidagilar kiradi: lizmning onlayn ensiklopediyasi genomlarda metabolik yo„llarni bashorat qilish rmentlar bazasi orqali yaratish MetaCyc missiyasi quyidagi vazifalarni bajarish uchun genetika, molekulyar biologiya, mikrobiologiya, biokimyo genomika, bioinformatika, metabolik muhandislik va tizimlar biologiyasining ko„plab tadqiqotchilar jamoasiga xizmat qilishdir. MetaCyc asosiy tadqiqotlar va genomlarni tahlil qilish uchun tadqiqotchilar, talabalar va o„qituvchilar tomonidan o„quv maqsadlari uchun metabolik yo„llar va fermentlar haqidagi zamonaviy, adabiyotlar asosida tayyorlangan ma„lumot manbasi sifatida foydalaniladi. MetaCyc bazasida birlamchi metabolizmlarda va ikkilamchi metabolizmlarda ishtirok etadigan gen va oqsil (aksincha bo„lishi mumkin) yo„llarini o„zida saqlaydi. MetaCyc ma„lumotlari boshlang„ich adabiyotlardan, tadqiqotlardan va tashqi ma„lumotlar bazalaridan olinadi. Olingan ma„lumotlar asosida quyidagilarni taqdim etadi: „lning ahamiyati, -qarshi dalillar haqida. MetaCyc quyidagi manbalardan olingan ma„lumotlarni o„z ichiga oladi: Chem kimyoviy tuzilish bazalari MetaCyc-ni boshqa yo„l bazalari bilan taqqoslaydigan bo„lsak, jumladan MetaCyc yo„llari xaritalari KEGG xaritalariga qaraganda haqiqiy biologik jarayonlarga yaqinroq. MetaCyc shuningdek, metabolik reaktsiyalar va fermentlar to„g„risida keng ma„lumot beradi, bu esa ushbu metabolitning biosintezi yoki katabolizmining mumkin bo„lgan yo„nalishlari haqida tushunishga imkon beradi Download 0.68 Mb. Do'stlaringiz bilan baham: 
|