Shodieva melixolning genomika fanidan tayyorlagan

Primer-BLAST dasturida PCR uchun praymerlarni loyhalash. 
Avvalgi 
maqolamizda
 aytib 
o‘tganimizdek barcha bioinformatik dasturlar 
biologiya sohasidagi ma‘lumotlar ko‘lami bilan ishlashni osonlashtirish uchun 
xizmat qiladi. Bugun ana shunday dasturlardan birining qanday ishlashi haqida 
gaplashamiz. 
Bioinformatik dasturlarning ayrimlari online rejimda, boshqa birlari esa offline 
rejimida ishlaydi. BLAST dasturi online rejimda ishlaydigan dasturlardan 
hisoblanadi. Ya‘ni bu dasturni ishlatish uchun Siz avvalo internetga ulangan 
bo‘lishingiz kerak. 
BLAST o’zi nima? 
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool – asosiylokal tekislanishni izlash 
vositasi) bu kompyuter dasturlaridan biri bo‘lib, u oqsil yoki nuklein kislotalar 
gomologlarini mavjud bazadan izlab topishga xizmat qiladi. Sodda qilib 
tushuntirilganda sizda oqsil yoki nuklein kislotalarning ma‘lumbir ketma-ketligi 
bor. Lekin siz bu nuklein kislota qaysi turga tegishli ekanligini bilmaysiz. BLAST 
sizga mana shu qo‘lingizdagi nukleotidlar ketma-ketligi qaysi turga tegishli 
ekanligini aniqlashga yordam beradi. Albattau bazada mavjud bo‘lgan millionlab 
namunalarga solishtirish asosida sizga kerakli natijani chiqarib beradi. BLAST 
dasturini 1990-yilda AQSHlik bir guruh tadqiqotchilar ishlab chiqqanlar. 
BLAST qanday ishlaydi? 
Men bugungi maqolada imkoni boricha sodda tilda BLAST dan qanday 
foydalanish haqida ma‘lumot bermoqchiman. Jarayonni tushunishingiz uchun 
o‘zim olib borayotgan tadqiqotlar misolida tushuntirib ketaman. 
Men ayni vaqtda O‘zbekiston baliqlarining DNK barkodingi va filogenetikasi 
ustida shug‘ullanmoqdaman. Ushbu ilmiy tadqiqot ishimda men uchun 
O‘zbekiston suv havzalaridan yig‘ilgan baliq namunalari kerak bo‘ladi. Men mana 
so‘nggi 3 yil davomida O‘zbekistondagi turli suv havzalaridan baliq namunalarini 
yig‘ib kelmoqdaman. Ayrim baliq turlarini tashqi ko‘rinishidan, morfologik 
belgilaridan juda osongina ajrata olaman, ayrimlarini maxsus aniqlagich 

---

kitoblaridan foydalangan holda aniqlayman. Ba‘zi suv havzalaridan baliq 
namunalarini yig‘ishda faqatgina juda mayda baliq chavoqlari yoki aniqlagich 
bilan ham qaysi tur ekanligini aniqlab bo‘lmaydigan turlar uchrab turadi. 2017 yil 
fevral oyida Toshkent viloyatidagi Chiqchiq suv havzasidan baliq namunalari 
yig‘ayotganimda juda kichkina baliq namunasini olgan edim. Uning kim ekanligini 
o‘sha vaqtda aniqlay olmaganman. 
Xitoyda qaytgach laboratoriya sharoitida o‘sha baliq namunasining to‘qimasidan 
mitoxondriya DNK ni ajratib olib (bu alohida mavzu), mitoxondriyadagi COI 
genini PZR mashinasida amplifikatsiya qildim. Elektroforez jarayoni ushbu genni 
to‘g‘ri ajratib olganimni ko‘rsatdi. Men natijalarni maxsus kompaniyalarga 
jo‘natdim. Ular menga o‘sha noma‘lum baliq namunasidan olingan COI genidagi 
nukleotidlar ketma-ketligini o‘qib berishdi. Ular jo‘natgan natija taxminan quyida 
ko‘rinishda edi. 
Bu tasvirda DNK ikkala zanjirining ma‘lum bir fragmenti va undagi 
nukleotidlarning spektrlari tasvirlangan. Nukleotidlar spektri va ularning rangidan 
ajratib olish haqida avval ham 
yozgan edim
. DNK ning ushu holatini ko‘rish uchun 
―ContigExpress Project‖ bioinformatsion dasturidan foydalaniladi. Ushbu rasmda 
DNK ning 5‘-3‘ (1) va 3‘-5‘ (2) zanjirlarini ko‘rishingiz mumkin. COI geni 

---

o‘rtacha 
700 
ta 
nukleotiddan 
iborat 
bo‘ladi. 
Biz DNK zanjirlarining holatini tekshirib ulardan umumiy holatda quyidagi 
nukleotidlar ketma-ketligini qo‘lgan kiritamiz. Nukleotidlarimizni birinchi 
yuqoridagi qizil ko‘rsatgichda ko‘rsatilgan joyga ko‘chirib olib qo‘yamiz (Ctrl+C 
va Ctrl+V). Shundan so‘ng ikkinchi ko‘rsatkich ko‘rsatayotgan joy 
belgilanganligini tekshiramiz. Bu nuqta siz yuklagan nukleotidlarni qaysi 
ma‘lumotlar ba‘zasi bilan solishtirish kerakligini aniqlashtirish uchun kerak. U 
yerda ayni vaqtda Human genomic + transcript – odam genomi va Mouse