Amaliy mashg‟ulot-7
ORF Finder dasturida ishlash
ORF qidiruvchisi NCBI veb-saytida mavjud bo'lgan dasturdir.ORFni
tahlil
qilish orqali tarjima jarayonida hosil bo'ladigan
aminokislotalarni taxmin
qilishimiz mumkin. Yangi ketma-ket kelgan gendan to'g'ri
ORFni bashorat qilish
muhim qadamdir. U barcha ochiq o'qish ramkalarini yoki mumkin bo'lgan
oqsillarni kodlash hududini ketma-ketlikda aniqlaydi.
ORF Finder (Open Reading Frame Finder) foydalanuvchi
ketma-ketligida
yoki maʼlumotlar bazasida mavjud boʻlgan ketma-ketlikda
tanlanadigan minimal
oʻlchamdagi barcha ochiq oʻqish kadrlarini
topadigan grafik tahlil
vositasidir. Ushbu vosita standart yoki muqobil genetik
kodlar yordamida barcha
ochiq o'qish ramkalarini aniqlaydi. Aniqlangan aminokislotalar
ketma-ketligi turli
formatlarda
saqlanishi va
asosiy mahalliy
hizalama qidiruv vositasi
(BLAST)
serveri yordamida ketma-ketlik ma'lumotlar bazasidan izlanishi mumkin. ORF
Finder to'liq va aniq ketma-ketliklarni tayyorlashda yordam berishi kerak.
1-topshiriq
Quyidagi turlar genomini ORF dasturi orqali taxlil qiling
1.aurelia aurita
2.clione limacine
3.helix pomatia
4.artemia salina
5.buthus eupeus
6.galeodus caspius
7.pipa pipa
8.bufo bufo
9.hulo arborea
10.rana goliaph
11.draco Volans
12.varanus griseus
13.chamaelon vulgaris
14.eunetes murinus
15.naja oxiana
16. vipera lebetina
17.caiman crocodilus
18. trionyx sinensis
19.gavia arctica
20.vultur gryphus
21.falco tinnunculus
22.aegypius monachus
23.grus leucogieranus
24.larus ridibudus
25.cuculus canorus