Dori vositalarining yaratilish jarayoni va ta’sir qilish mexanizmlari

Molekulyar dokingda qo’llaniladigan asosiy atamalar: 
▪ Retseptor – (xost yoki qulf) – qabul qilib oluvchi molekula, asosan oqsillar yoki 
biopolimerlar. 
▪ Ligand – (kelib birikuvchi molekula yoki kalit) – Retseptor bilan komplementarlik 
asosida bog’lanuvchi molekula. Ko’pincha ligandlar kichik o’lchamli molekulalar, 
ba’zan esa boshqa biopolimerlar ko’rinishida bo’lishi mumkin.
▪ Doking – Retseptor bilan bog’lanishga nomzod bo’la oladigan ligand molekulasini 
kompyuter yordamida oldindan modellashtirish.
▪ Bog’lanish usuli – Ligandning retseptorga nisbatan oriyentatsiyasi va ularning o’zaro 
bog’langan holatidagi konformatsion holati. 
▪ Pozitsiya – Ehtimolligi yuqori bo’lgan bog’lanish usuli.
▪ Baholash – Molekulalar aro o’zaro samarali ta’sirlashuvlar (gidrofob ta’sirlashuvlar, 
vodorod bo’g’lari) ni hisoblash orqali bog’lanish usulini baholash.
▪ Klassifikatsiya (tartibga solish) – Ma’lum bir retseptorga katta ehtimollik bilan 
bog’lanishi mumkin bo’lgan ligandlarni, ularning bog’lanish erkin energiyasini avvaldan 
bashorat qilish orqali klassifikatsiyalash.
▪ Dockingni baholash – Docking protokolining bashorat qilish qobiliyatini aniqlash 
tartibi. 

---

…. Rasm. – Doking amalga oshirilgan addukt simulyatsiyasi. Rasmda nishon va ligandning bir – 
biridan fizik jihatdan ma’lum bir masofada joylashgani va asosan Vodorod bog’lari orqali 
ta’sirlashgani aks ettirilgan.
….rasm – PDBSite ma’lumotlar bazasi va uning PDB ma’lumotlar bazasi bilan o’zaro aloqalari. 

---

Inson genomini loyihasini yakunlanishi ko’plab dori moddalarni kashf etish uchun yangi 
terapevtik nishonlar sonining ortishiga turtki bo’ldi. Shu bilan birga, yuqori darajada oqsillarni 
tozalash, kristallografiya va yadro magnit-rezonansli spektroskopiya usullari rivojlandi va oqsillar 
va oqsil-ligand komplekslarining strukturaviy tuzilishi bo’yicha bilimlarning ortishiga sabab 
bo’ldi. Strukturaga asoslangan holda dori-darmonlarni molekulyar dokingi 1980-yillarning 
boshlaridan beri keng qo'llanilgan va bugungi kunda eng keng tarqalgan usuldir. Molekulyar 
docking tadqiqotlarini o'tkazish uchun turli algoritmlarga asoslangan dasturlar ishlab chiqildi, bu 
esa dokingni farmatsevtika tadqiqotlarida tobora muhim vositaga aylantirdi.
…..rasm – Ligand va retseptor ta’sirlashuvlarida molekulalar shaklining komplementarligi va 
yuza qavat strukturasi.

---

Doking jarayoni ikkita asosiy bosqichni o'z ichiga oladi: ligand konformatsiyasini bashorat 
qilish, shuningdek uning ushbu joylardagi joylashuvi va yo'nalishini (odatda “pose” deb ataladi) 
va bog'lanish yaqinligini baholash. Ushbu ikki bosqich mos ravishda namuna olish usullari va 
baholash sxemalari bilan bog'liqdir. Docking jarayonlaridan oldin bog'lash joyining joylashishini 
bilish docking samaradorligini sezilarli darajada oshiradi. Ko'pgina hollarda, bog'lash joylari, 
albatta, unga ligandlarni joylashtirishdan oldin ma'lum. Shuningdek, maqsadli oqsilni shu kabi 
funktsiyaga ega bo'lgan oqsillar oilasi yoki boshqa ligandlar bilan birgalikda kristallangan oqsillar 
bilan taqqoslash orqali saytlar to'g'risida ma'lumotlarni olish mumkin. Retseptor va ligan 
bog’lanishiga xizmat qiluvchi bunday saytlar haqida ma’lumotlar topilmasa, bo'shliqni aniqlash 
dasturlari yoki onlayn-serverlar, masalan, oqsillar tarkibidagi taxminiy faol joylarni aniqlash 
uchun GRID, POCKET, SurfNet, PASS va MMC kabi dasturlardan foydalanish mumkin. 
Bog'lanish joyi to'g'risida hech qanday taxminlarsiz dokingni amalga oshirish “blind docking” deb 
nomlanadi. Ligand-retseptorlarni bog'lanish mexanizmini tushuntirish uchun Fisher tomonidan 
taklif qilingan qulf va kalit nazariyasi eng dastlabki nazariya bo'lib, unda ligand qulf, retseptor esa 
kalit vazifasini bajaradi. Keyinchalik Koshland tomonidan yaratilgan "induktsiya qilingan 
moslashuv" nazariyasi “qulf-kalit” nazariyasini bir qadam oldinga olib chiqadi, ya’ni oqsilning 
aktiv sayti ligandlar bilan o'zaro ta'sir natijasida doimiy ravishda o'zgarib turishini yana bir bor 
isbotladi. Ushbu nazariya shuni ko'rsatadiki, ligand va retseptorlar doking vaqtida egiluvchan, 
o’zgaruvchan tizim sifatida qaralishi kerak.